Рельеф большей части (69%) территории страны возвышенный, с севера на юг остров пересекает мощный Центральный горный хребет, круто спускающийся к очень узкой прибрежной полосе Восточной продольной долины. На всем протяжении Центрального хребта высится более 290 горных пиков, чья высота превышает 3000 метров, а высочайшей точкой страны является гора Юйшань ("Нефритовая гора" или Маунт-Моррисон, 3 952 м). Несколько небольших горных систем (горы Суйе, Нефритовые, Алишань, Синган и др.), плато (Хоули, Даду, Бакуа, Хенкчун и др.) и обширные предгорья (Фоньян, Чьяйи, Хенчун и пр.) обрамляют вулканические цепи Центрального хребта. Вдоль западного побережья тянется узкая аллювиальная равнина, обрамленная несколькими локальными равнинными участками (Джианан, Пинтунг, Йилан и др.) шириной не более 30 км, занимающая не более 31% территории острова.

Горы и возвышенные плато покрыты субтропическими лесами, простирающимися до высоты почти 1500 метров, выше которых лежат альпийские луга и горные пустоши. Предгорья с невысокими холмистыми градами и продольными долинами обильно орошается многочисленными реками систем Ланъянг, Даншуэй, Даджия, Хоулонг, Даду и Жушуэй, формирующих обширные аллювиальные дельты. Прибрежные равнины подвергаются интенсивному воздействию сельскохозяйственной деятельности человека, поэтому эндемичной растительности здесь практически не сохранилось - почти 97% территории равнин занимают поля, сады и плантации.

Остальные острова страны в большинстве своем имеют вулканическое происхождение и представляют собой вершины подводных гор рифтовой зоны восточно-азиатского шельфа, выступающие над поверхностью океана. Рельеф большинства из них, соответственно, скалистый и возвышенный. Дуншацюньдао, Сишацюньдао и некоторые другие острова имеют коралловое происхождение, поэтому невысоки и равнинны.